Имеет ли право учитель физкультуры ставить два ученику при отсутствии лыж?

Нет, это обязанность учебного заведения.

Приказом Минобрнауки России от 30.03.2016 N 336 «Об утверждении перечня средств обучения и воспитания, необходимых для реализации образовательных программ начального общего, основного общего и среднего общего образования, соответствующих современным условиям обучения...» лыжи включены в перечень средств обучения и воспитания, необходимые для реализации общеобразовательных программ, соответствующих современным условиям обучения. В соответствии со статьей 35 средства обучения и воспитания предоставляются обучающимся бесплатно в пользование на время получения образования.