Законно ли увольнение по окончанию контракта в данном случае?

Здравствуйте Станислав! 

Положение о порядке прохождения военной службы: 

9. Для заключения нового контракта военнослужащий, у которого заканчивается срок действующего контракта, не менее чем за четыре месяца до истечения его срока подает по команде рапорт должностному лицу, которое вправе заключать с ним новый контракт.

Вы пишете рапорт на заключение нового контракта при желании к дальнейшему прохождению военной службы.

8. Командир (начальник), который вправе заключать контракт с военнослужащим, желающим заключить новый контракт, принимает решение о заключении с военнослужащим нового контракта или об отказе в его заключении не позднее чем за три месяца до истечения срока действующего контракта.

Командир обязан был принять в отношении вас решение. Учитывая, что вы не изъявляли желание на заключение нового контракта вас обязаны уволить и исключить из списков личного состава.

С Уважением!